Органами управления и контроля деятельности Христианского образовательного центра являются: Конференция членов Центра, Правление Центра, Председатель Правления Центра, Контрольно-ревизионная комиссия.
Конференция членов Центра является высшим органом управления. Созывается не реже одного раза в четыре года. Внеочередная Конференция может созываться по инициативе Председателя, Правления, Контрольно-ревизионной комиссии либо по требованию 2/3 членов Центра.
Правление Центра является его руководящим органом в период между Конференциями. Избирается из членов Центра сроком на 4 года из числа членов Центра. Правление организует исполнение решений Конференции и собирается не реже одного раза в квартал.
Председатель Правления Центра осуществляет текущее управление деятельностью Центра, решает вопросы организационного, финансового, материально-технического и административно-хозяйственного обеспечения его деятельности, связей с общественностью и средствами массовой информации, взаимодействия с зарубежными и отечественными с партнерами.
Контрольно-ревизионная комиссия осуществляет контроль за финансово-хозяйственной деятельностью Центра. Она состоит из Председателя комиссии и двух членов Центра и избирается Конференцией сроком на 4 года. Комиссия собирается не реже одного раза в год. Комиссия принимает решения простым большинством голосов от присутствующих при участии не менее 2/3 членов.
